نبوغه وتقواه ولد سنة 1899 م بناحية هور مركز ملوي من أبوين مسيحيين تقيين، ومات أبوه وهو في سن الطفولة فعنيت أمه بتربيته وتشرَّب منها التقوى والحكمة والبر بالفقراء والمساكين. دفعته غيرته على تقدم الكنيسة ونموها على أن يكرس حياته لخدمتها، فالتحق بالمدرسة الإكليريكية وهو في السادسة عشرة من عمره ونبغ فيها بالرغم من صغر سنه. ولما تخرج من المدرسة الإكليريكية عُين واعظًا لكنيسة ملوي القبطية فقوبل فيها أولاً مقابلة شاب في العشرين من عمره ولكن سرعان ما وجد فيه شعبها واعظًا تقيًا قديرًا، فأحبه الجميع حبًا جمًا. وقد رُسم كاهنًا لكنيسة ملوي في يناير سنة 1925م بناء على تزكية إجماعية من شعبها، وكان يوم رسامته يومًا مشهودًا اشترك في الاحتفال به جميع أهل المدينة على اختلاف مذاهبهم. وكان كثير القراءة إلى حد بعيد، واستطاع أن يستوعب مئات الكتب وهو بعد في حداثة سنه، وعلى الرغم من عمره القصير ولكنه كان دسم عامر بالإنتاج الذي لم يستطعه الشيوخ، فكان كارزًا إكليريكيًا عظيمًا وأشهر وعاظ الصعيد في عصره بمركز ملوي. وقد ألَّف خمسة عشر كتابًا في موضوعات روحية ولاهوتية وعقائدية، كما كتب عن الكتاب المقدس وفي تاريخ الكنيسة، بالإضافة إلى العديد من المقالات في الصحف والمجلات. وبرز أثناء الحركة الوطنية فكان فيها خطيب ملوي الفذ. وقد حلت به في سنيّ حياته القصيرة تجارب متنوعة تحملها بصبر مقدمًا عنها لله خالص الشكر، جرب في أبنائه فكان كلما رزق ابنًا اختطفه الموت منه، وجرب كثيرًا في صحته، ثم توفت والدته سنة 1928م وكان حزنه عليها شديدًا. وأخيرًا عرف القس منسى يوحنا يوم نياحته فقال لمن حوله يوم 16 مايو سنة 1930م "سأموت الليلة فأرجو أن تُصّلّوا عليَّ في ملوي وتدفنونني في هور"، وتنيح في تلك الليلة. وقد أحبه الجميع حتى الطوائف غير الأرثوذكسية وبكوه بكاءً حارًا. وكان القس منسى يوحنا محبوبًا جدًا من المسلمين حتى أنهم كانوا يتهافتون على حمل نعشه يوم وفاته. وطنية الكنيسة القبطية وتاريخها، صفحة 402.