اختياره بابا الإسكندرية توحّد راهب حبيس في صومعة بسنجار (مدينة ابتلعتها بحيرة البرلس)، وقد بلغ عبير رائحته الذكي إلى الأساقفة المجتمعين في القاهرة للصلاة لكي يرشدهم الله إلى من تقع عليه مسئولية تولي الكرسي المرقسي، وأوصلهم إليه زائر دخل إلى اجتماعهم فكان ميخائيل هو ضالتهم المنشودة. اعتذر ميخائيل لمن وصل إليه ناقلاً له رغبة الآباء، مؤكدًا له عدم استحقاقه. ولما علم أنهم سيحملونه قسرًا وعنوة نزل معهم، وسار الجميع إلى الإسكندرية وتمت مراسيم السيامة سنة 1092م، فتوجه بعدها البابا الجديد إلى دير أنبا مقار ليستمد العون الإلهي في خدمته الجديدة، ثم عاد إلى القاهرة متخذًا كنيسة رئيس الملائكة ميخائيل على جزيرة النيل مقرًا له. علاقاته الطيبة برجال الدولة إذ استتب الأمن بتولي الأفضل شاهنشاه بن بدر الدين الجمالي السلطة وتولي المستعلي بالله أبيه المستنصر رغم مناوشات أخوه الأكبر، وبدت الأمور هادئة للبابا الجديد ليباشر مهمة خدمته، كما أن القدس كانت تحت حكم رجل قبطي نال الحظوة لدى الدولة وهو منصور التلباني. عندما جاء الفيضان ناقصًا إلى الحد الذي أزعج السلطات، طلبوا إلى البابا الذهاب إلى أثيوبيا لاتخاذ الوسائل التي تسهل مرور مياه النيل، وفعلاً جاءت إرساليته بالبشارة الطيبة وانصلحت العلاقات بين مصر وأثيوبيا بفضل البابا الذي كان أول بابا إسكندري يسافر إلى أثيوبيا رغم استمرار العلاقات بين الكنيستين منذ البابا أثناسيوس الرسولي البابا العشرين، كما رسم لهم مطرانًا جديدًا ثم مطرانًا آخر بدلاً منه عندما أثبت عدم جدارته. عندما انتشر مرض الطاعون في مصر جال البابا بين أبنائه يواسيهم ويشجعهم ويرفع عنهم الصلوات، حتى أصيب هو ذاته بالمرض ورقد به سنة 1102م في أيام الآمر بأحكام الله بن المستعلي. كشف الأسرار في تاريخ البطاركة الأحبار (ج 2)، صفحة 21.