مؤرخ قبطي مشهور. نعرف القليل عن حياته الخاصة مما جاء عرضًا في تاريخ البطاركة للأنبا ساويرس بن المقفع. عاش في النصف الثاني من القرن السابع الميلادي. تطرف واشتد في تأديب أحد الرهبان الذي وقع في خطية الزنا، وضربه ضربًا مبرحًا حتى مات بعدها بقليل الأمر الذي يكشف عن شخصية مريضة. لهذا انعقد مجمع أساقفة وقطعوا الأسقف وأسقطوه من رتبته. لكن ترجع شهرة يوحنا النيقيوسي إلى كتابه الذي ألَّفه في التاريخ العام ودوَّن فيه تاريخ العالم منذ الخليقة حتى أواخر القرن السابع الميلادي. ويعتبر يوحنا إلى حد ما معاصرًا للفتح العربي لمصر، وقد أوجز في ذكر حوادث ذلك الفتح. لكتابه هذا قيمة خاصة، إذ أصبح مصدرًا لا غنى عنه للباحث في تاريخ تلك الفترة. ضاع هذا الأثر النفيس بلغته الأصلية القبطية، ولكن يوجد نص كامل للكتاب باللغة الأثيوبية القديمة، قام المستشرق زدتنبرج بترجمته إلى الفرنسية، ونشره في باريس عام 1883م. يضم هذا المرجع 122 فصلاً، ويتحدث في الفصول الإحدى عشر الأخيرة عن الفتح العربي. وقد أعطي اهتمامًا خاصًا بمصر والمصريين. فأوضح أنه أول من صاغوا الذهب، وبحثوا عن المناجم، وصنعوا أدوات الحرب، كما تحدث عن بناء الأهرامات. لهذا العمل أهميته الخاصة في التاريخ لبطاركة كرسي الإسكندرية. وقد عاصر أربعة من باباوات الإسكندرية: البابا أغاثون والبابا يوأنس الثالث والبابا إيساك والبابا سيمون الأول الذي سامه أسقفًا علي نيقيوس مسقط رأسه.