رهبنته وُلد هذا القديس بمدينة رومية من أب غني يسمى أطرافيوس. ولما كان يوحنا يتلقى العلم طلب من أبيه أن يُجَلِد له الإنجيل الذي يقرأ فيه بالذهب، فعمل له ما أراد ففرح به كثيرًا. واتفق أن أحد الرهبان قد نزل عندهم عند ذهابه إلى بيت المقدس فطلب منه يوحنا أن يأخذه معه، فأعلمه أنه ذاهب إلى القدس وليس إلى الدير، ثم عرفه أنه صغير السن ولا يتحمل عيشة الرهبان التقشفية، غير أن يوحنا كان صادقًا في عزمه فسافر وحده في سفينة إلى دير ذلك الراهب. ولما رآه الرئيس لم يرد أن يقبله لصغر سنه وافهمه أن عيشة الرهبان شاقة على من هو مثله. ولما ألح يوحنا عليه ورأى فيه الرئيس ثبات العزم وقوة اليقين حلق له شعر رأسه والبسه ثوب الرهبنة المقدس، فأجهد يوحنا نفسه بنسكيات وتقشفات زائدة، وكان الأب الرئيس ينصحه قائلاً: "ترفق بنفسك وسِر مثل سائر الاخوة" فكان يقول له: "إن قوة الله وصلاتك عني تعيناني". عودته إلى بيت أبيه بعد سبع سنوات رأى في رؤيا من يقول له: "قم اذهب إلى والديك لتأخذ بركتهما قبل انتقالك من هذا العالم"، وتكررت هذه الرؤيا ثلاث ليالٍ متوالية، فأعلم الرئيس بها، فعرف إنها من الله وأشار عليه بالذهاب. فلما خرج من الدير وجد رجلاً مسكينًا عليه ثياب رثة فأخذها منه وأعطاه ثيابه. ولما وصل منزل والديه قضى ثلاث سنوات قريبًا من باب البيت يقيم في كوخٍ من القش وكان يقتات أثناءها من فضلات موائد أبيه التي يرميها الخدم، وكانت أمه إذا عبرت به تشمئز من رائحته، ومن منظر ثيابه الرثّة. استدعاء والدته ولما دنت نياحته أعلمه الرب إنه بعد ثلاثة أيام سينتقل من هذا العالم، فاستدعى والدته ولم يُعرفها بنفسه، واستحلفها أن تدفنه في الكوخ التي يقيم فيها بما عليه من الثياب، ثم أعطاها الإنجيل الذهبي قائلاً: "كلما قرأتِ فيه تذكرينني". فلما حضر والده إلى المنزل أرته الإنجيل فعرف أنه إنجيل ولده يوحنا فأسرع إليه الاثنان وتقصّيا منه عن الإنجيل وعن ولدهما، فطلب منهما أن يتعهدا بأن لا يدفناه إلا بثيابه التي عليه، ثم عرفهما بأنه ولدهما. عند ذلك بكيا بكاءً عظيمًا. وسمع بذلك أكابر رومية فاجتمعوا ليروا هذا الراهب البار. وبعد الثلاثة الأيام تنيّح، فكفنته أمه بالثياب التي أعدتها ليوم زواجه قبل ذهابه إلى الدير فمرضت لوقتها، فتذكر زوجها التعهد الذي أعطياه، وفى الحال نزع عن ابنه هذه الثياب وألبسه ثيابه القديمة، ودفنه في الكوخ التي كان بها. قد حصلت من جسده أشفية وعجائب كثيرة ثم بنوا له كنيسة على اسمه ووضعوا جسده بها. ونحتفل بتذكار تكريس هذه الكنيسة ونقل جسده إليها في اليوم العشرين من شهر طوبة.