هروبه إلى الصعيد كان راهبًا ناسكًا بدير الأنبا مقاريوس ببرية شيهيت، وحين هجم البربر على أديرة وادي النطرون في آخر عهد البابا مرقس الثاني قتلوا معظم الرهبان ماعدا عدد ضئيل أبقتهم العناية الإلهية ليكونوا خميرة مرة أخرى، وهذا العدد الضئيل نجا بفراره من وادي النطرون والتجائه إلى الصحراء جنوبًا في منطقة الصعيد، وكان بينهم الراهب الشاب ياكوبوس. العودة إلى ديره عاش ياكوبوس في دير مهجور بأعلى الصعيد، وكان يتحيّن الفرصة للعودة إلى ديره، وذات ليلة ظهرت له السيدة العذراء في حلم وأمرته أن يعود إلى دير القديس مقاريوس، فأطاع ياكوبوس وقام لفوره عائدًا إلى ديره، وهناك ظهرت له السيدة العذراء مرة أخرى وشجعته وقوته، ولم يلبث أن أتى إليه العديد من طالبي الرهبنة ليعيشوا تحت رعايته. ترشيحه للبابوية حينما كان البابا مرقس الثاني في سكرات الموت سأله المؤمنون عمن سيخلفه، فذكر لهم اسم الراهب ياكوبوس أب رهبان دير الأنبا مقار. وبعد نياحة البابا نودي بالصوم والصلاة لمدة ثلاثة أيام أعلن بعدها الأساقفة اسم الراهب ياكوبوس حسب مشورة البابا الراحل، فأطاع الجميع واستحضروا الراهب ياكوبوس وساروا به إلى الإسكندرية، وهناك رسموه بطريركًا سنة 819م. اتساع الفجوة بين الكنيسة في الشرق والغرب في بداية عهده اتسعت الفجوة بين الكنيسة في الشرق والغرب إلى أن انفصل الشطران بعضهما عن بعض في النهاية. وقد عمل البابا ياكوبوس على بناء الكنائس والقلالي التي كان البربر هدموها في دير الأنبا مقاريوس، ثم قام بزيارة رعوية في الصعيد وقضى بين أبنائه أيامًا ثم عاد إلى عاصمته. كما قام ببناء كنيسة في القدس يصلي فيها القبط حينما يذهبون إلى الأراضي المقدسة. علاقته بالبطريرك الإنطاكي أرسل البابا رسالة الشركة إلى البطريرك الإنطاكي وكان وقتذاك هو مار ديونيسيوس التَلمَحري الملقب بحكيم القرن التاسع. وقد جاء بطريرك إنطاكية لزيارة مصر مرتين، كانت المرة الأولى ليقابل الوالي عبد الله بن طاهر ويطلعه على ما اقترفه أخوه من ظلم في معاملة أهالي الرُها. أما الزيارة الثانية فكانت لزيارة الأنبا ياكوبوس وقضى في مصر مدة، زار فيها الكنائس والأديرة الأثرية، وتبادل مع أساقفة الكرازة المرقسية الحديث عن الإيمان الأرثوذكسي المجيد. وبعد انتهاء زيارة البطريرك الإنطاكي بقليل شعر الأنبا ياكوبوس بوعكة، ولم تنقضِ غير أيام قليلة حتى انطلق من أسر الجسد، وكانت نياحته في 14 أمشير سنة 444ش الموافقة سنة 836م. قصة الكنيسة القبطية، الكتاب الثاني صفحة 414.