إذ تنيح البابا ديسقورس الثاني (31) تمكن المصريون من الاجتماع والتشاور، لأن الإمبراطور أنستاسيوس كان متسامحًا يتسم بسعة الصدر، وكان لا يزال وفيًا لأصدقائه من المصريين، فترك للأقباط حق اختيار راعيهم دون أن يفرض عليهم أحدًا، وكان ذلك في سنة 519م. لكن أنستاسيوس مات في نفس السنة وتولى يوستنيان الإمبراطورية، وكان يميل إلى الخلقيدونية. إذ دخل يوستنيان الأول الكنيسة في يوم أحد ومعه الأسقف يوحنا الكبادوكي، قام بعض المتشيعين للإمبراطور بالهتاف طالبين سقوط الأسقف ساويرس الأنطاكي ومحاكمته لأنه غير خلقيدوني بينما هتف البعض بحياته كرد فعل للهتاف الأول، عندئذ قرر الإمبراطور عقد مجمع للفصل في الأمر. وإذ عرف البابا تيموثاوس الثالث ما ينويه الإمبراطور لم يذهب إلى المجمع، فأمر الإمبراطور بالقبض عليه ونفيه. اقتحم الجند أبواب الكنيسة بينما تجمهر الشعب حول باباهم، ودارت معركة بين الجند المسلحين والشعب الأعزل، واندفع الجند يفتكون بالشعب ويقتلون عددًا ليس بقليل، ثم اقتحموا دار البطريركية وألقوا القبض على البابا الذي اُقتيد إلى المنفى، ثم فرض الإمبراطور بطريركًا دخيلاً يُدعى أبوليناريوس. أما القديس ساويرس فأطاع وذهب إلى القسطنطينية ليحضر المجمع فحُكم عليه بتجريده وحرمانه، وكان الإمبراطور في حالة ثورة عنيفة ضده حتى كان مصممًا على قطع لسانه. تدخلت الإمبراطورة التقية ثيؤدورا التي شفعت في القديس ساويرس الأنطاكي، فاكتفى الإمبراطور بحرمانه من الدخول إلى إيبارشيته، وبالفعل التجأ إلى مصر ليجد فيها موضع راحة ومكان خدمة. في هذا المجمع الذي لم يتجاوز عدد الحاضرين فيه أربعون أسقفًا، جُرِّد القديس ساويرس من أسقفيته، وأُعطِي لأسقف القسطنطينية لقب "البطريرك المسكوني"، الأمر الذي أثار أسقف روما، حاسبًا أنه هو البابا الوحيد دون بطاركة العالم، وأن لقب "البطريرك المسكوني" خاص بالسيد المسيح نفسه بكونه أب المسكونة كلها! من هنا بدأ النزاع بين الكنيستين في روما والقسطنطينية حول الألقاب. أُثير أيضًا موضوع "العلاّمة أوريجينوس" حيث كان لتلاميذه أثرًا فعالاً، واستطاع الخصوم أن يؤثروا على الإمبراطور الذي حسب نفسه الفيصل في الأمور اللاهوتية والروحية فأصدر حكمًا يحرم أوريجينوس. عاد البابا تيموثاوس الثالث من منفاه، لكنه بقيّ هو والقديس ساويرس الأنطاكي مطاردين من بلد إلى أخرى، ومن دير إلى دير. وقد سمحت العناية الإلهية للبابا فرصة أن يرسم الأنبا ثيؤدوسيوس أسقفًا على جزيرة فيلة بأسوان، استطاع أن يجتذب الوثنيين القاطنين في جنوبها للإيمان المسيحي، كما حوَّل الجزء الأمامي من معبد إيزيس إلى كنيسة باسم القديس إسطفانوس أول الشهداء وبنى كنيسة أخرى في وسط الجزيرة. أخيرًا استقر المقام بالبابا والقديس ساويرس في دير بعيد عن أعين الجند البيزنطيين، ومن هناك كانا يهتمان برعيتهما خلال الرسائل. وعندما جاء وفد أوطاخي إلى مصر من القسطنطينية أسرع البابا وحذر شعبه منهم. أخيرًا بعد أن قضى حوالي 17 سنة في جهاد تنيح في الرب. إيريس حبيب المصري: قصة الكنيسة القبطية، ك2، بند 171 - 180.