باباويته ظل الكرسي الباباوي شاغرًا بعد نياحة البابا كيرلس الرابع ما يزيد عن ستة عشر شهرًا، وبعدها اجتمعت كلمة الأساقفة والأراخنة على اختيار القمص ميخائيل عبد السيد رئيس دير أنبا مقار وتمت رسامته في 15 يونيو سنة 1862م باسم ديمتريوس الثاني، وكان ذلك في أيام سعيد باشا. بعد تقليده زار جناب الخديوي ومعه رجال الدولة، فقال له سعيد باشا عند أول لقاء معه: "لا تفعل مثل سلفك، كل ما يلزمك قل لي عليه، وأنا مستعد لتأديته لك". وفي أيامه توفي سعيد باشا. وجاء بعده إسماعيل باشا الذي في أيامه نال الأقباط ما لم ينالوه في أيام غيره، حيث أنعم على المدارس القبطية وعلى البطريركية بأوقاف كثيرة. كما أصدر أمرًا بإجراء امتحان المدارس القبطية بعد امتحان المدارس الأميرية، وان يُقام احتفال لخريجي المدارس القبطية يحضره كبار القوم والأمراء، الأمر الذي صارت تفتخر به المدارس القبطية. كما قام إسماعيل باشا بترقية مجموعة من الأقباط وتنصيبهم في وظائف أميرية كبرى. اهتمامه بالمدارس أهم أعماله أنه قام بتكميل بناء الكنيسة المرقسية الكبرى بالأزبكية، كما اهتم بإدارة المدارس القبطية وتقدمها. ولما زار السلطان عبد العزيز بك مصر سنة 1863م دعا إسماعيل باشا العلماء والوزراء والقادة الدينين ليحظوا بمقابلته. وكانت العادة في ذلك العهد أن من يُدع للمثول بين يدي السلطان يقّبل طرف ثيابه، فلما جاء دور البابا ديمتريوس قبَّل البابا صدر السلطان بدلاً من تقبيل يديه أو ثيابه، فانزعج السلطان ودُهش الحاضرين وحسبوا ذلك جسارة من البابا. ولما سئل عن معنى التقبيل الغريب الذي لم يسبقه إليه غيره أجاب: "إنما أنا اقَّبل يد ملك الملوك وسلطان السلاطين لأنه ورد في الكتاب المقدس أن قلب الملك في يد الرب" (أم 21: 1). وقام القمص سلامة المرافق للبابا بترجمة ذلك إلى التركية. فلما سمع السلطان عبد العزيز الترجمة ابتسم مسرورًا وأنعم بألف فدان من أملاك الحكومة للمدارس القبطية ثم زادها الخديوي إسماعيل خمسمائة فدان أخرى في مديرية الشرقية. حرصه على الإيمان عندما علم البابا بنشاط الإرساليات الأجنبية في الصعيد، طاف في مركب بخاري أعدّها له الخديوي إسماعيل على مدن وقرى الصعيد حتى إسنا، ونجح في إقناع الكثيرين بالرجوع إلى كنيستهم القبطية الأرثوذكسية، وهكذا كان التعاون بين الحكومة والكنيسة لنبذ الحركات والبدع الأجنبية. نياحته تنيح البابا ديمتريوس الثاني في 18 يناير سنة 1870م ودُفن بجوار البابا كيرلس الرابع في المقبرة التي بكنيسة الشهيد إسطفانوس بالأزبكية. من أشهر الأساقفة المعاصرين له الأنبا يوساب الأبَحْ أسقف جرجا وأخميم، والأنبا صرابامون أسقف المنوفية الشهير بأبي طرحة. منسى يوحنا: تاريخ الكنيسة القبطية.