اختياره بابا الإسكندرية كان سكرتيرًا لسلفه البابا يؤانس الثاني وابن عم البابا تيموثاوس الأول، وقد اشتهر بالاستقامة والولاء التام للإيمان الأرثوذكسي، حتى عدّه الشعب رجلاً كاملاً ومحاميًا مناضلاً وأحبه ووثق به، فقُدِّم بطريركّا بإرشاد الروح القدس سنة 517م. طلب القيصر نفسه تعيينه، ومع محبة الشعب لديسقورس رفضوا تدخل الأباطرة في اختيار البابا، مما سبب تأخير سيامته. الشركة مع القديس ساويرس بطريرك إنطاكية ما أن اعتلى الكرسي المرقسي حتى جدد الشركة مع القديس ساويرس بطريرك إنطاكية وغيره من الأساقفة الأرثوذكسيين، ضمنها القول عن الثالوث القدوس المساوي في الجوهر والألوهية، ثم شرح التجسد وأن الله الكلمة قد اتحد بجسدٍ بشريٍ كاملٍ في كل شيء بنفس عاقلة ناطقة، وأنه صار معه بالاتحاد ابنًا واحدًا، ربًا واحدًا لا يفترق إلى اثنين، وأن الثالوث واحد قبل الاتحاد وبعده لم تدخل عليه زيادة بالتجسد. وقد ردوا عليه برسائل مؤيدة للإيمان القويم والناطقة بإخلاصهم له وبفرحهم لنواله هذه الكرامة السامية، فرد عليهم برسالة مملوءة بالمحبة والإخلاص. علاقته بالإمبراطور أنستاسيوس حدث أن أثار بعض المصريين فتنة في الإسكندرية أغضبت الإمبراطور أنستاسيوس، فخافوا سوء العاقبة ورجوا من باباهم، الذي كان الإمبراطور يعرفه شخصيًا ويحبه، أن يشفع فيهم لكي يدفع عنهم أذى الإمبراطور، فأعلن اغتباطه بخدمتهم وقصد إلى الإمبراطور لساعته. وقد نجح في مهمته إذ أعلن الإمبراطور صفحه عن المشاغبين. أُهين في شوارع القسطنطينية ومع هذا لم يفتح فاه، محتملاً بصبرٍ. كانت أيام البابا ديسقورس الثاني قصيرة، فلم تتجاوز باباويته السنتين انضم بعدها إلى أسلافه، تاركًا شعبه يبكيه ويتألم من أن راعيًا روحيًا مثله انتقل إلى عالم النور بهذه السرعة. قصة الكنيسة القبطية، الكتاب الثاني صفحة 124.